המגילות הגנוזות, או מגילות ים המלח, נחקרות על ידי מדענים והיסטוריונים כבר שנים רבות. למעשה, מדובר בפאזל בן 25 אלף חתיכות של טקסטים שגילם כ-2,000 שנה. רוב המגילות נמצאו בקומראן ובאתרים נוספים במדבר יהודה בשנות ה-40 וה-50. גילויין נחשב לאחד הממצאים הארכאולוגיים החשובים בארץ ישראל.
למרות שחלק מהמגילות נשמרו היטב בשל מזג האוויר היבש באזור ים המלח, רובן הן למעשה פיסות קלף או פפירוס. במשך שנים רבות, ארכיאולוגים מנסים לחבר את התצרף ולחשוף עוד טקסטים שניתן יהיה לקרוא ולחקור. המדענים חושבים ש-25 אלף החתיכות יוצרות כ-1,000 מסמכים שונים. האתגר, מסביר עודד רחבי, ביולוג מולקולרי באוניברסיטת תל אביב, הוא מיון אלפי הפיסות הקטנות של המגילות וחיבורן לכדי טקסט קוהרנטי, כאשר למעשה לא ידוע כמה חלקים חסרים ומה הטקסט המקורי. חלק אחד שאינו במקומו יכול להביא לשינוי מהותי במשמעות הטקסט.
השיטה החדשה בה משתמשים לחיבור ופענוח חלקי המגילות מתבססת על העובדה שחלק ניכר מהטקסטים נכתבו על עורות של בעלי חיים. החומר הביולוגי שעליו כתובים הטקסטים יכול לסייע לחוקרים.
בשנות ה-90 חוקרים הצליחו לחלץ DNA מהמגילות, אולם לא הצליחו לגלות לאילו בעלי חיים שייכים העורות, מכיוון שהגנום של בעלי החיים טרם רוצף באופן מלא. כעת, עומדת לרשות החוקרים ספרייה שלמה של גנום בעלי חיים, והם הצליחו לגלות לאילו בעלי חיים שייכים 26 חלקים מהמגילות. ה-DNA שנלקח מהמגילות עבר תהליך שנקרא deep sequencing, מה שאיפשר לחוקרים לגלות שרוב החלקים היו עשויים מעור פרה, ורק שניים היו עשויים מעור כבש.
הממצאים האלה מאפשרים לחוקרים גם להעלות השערות חדשות בקשר למקור המגילות, נושא שנוי במחלוקת. כך למשל, מגילות שנכתבו על עור פרה, ככל הנראה הגיעו מחוץ לקומראן, מכיוון שלא סביר שהיה בקר באזור ללא צמחייה כמו המדבר. הבדיקות הפורנזיות הגנטיות גילו גם שחלקים מסוימים של המגילות שחוברו יחד, לא שייכים זה לזה, מכיוןן שנכתבו על עורות שונים. מגילת ירמיהו, ככל הנראה, כוללת שתי גירסאות שונות – בניגוד למה שחשבו החוקרים עד כה.
בדיקות ה-DNA הללו יסייעו גם לגלות מקרים של זיוף מסמכים בכל הקשור למגילות. לפני מספר שנים נתגלה כי מגילות שנרכשו והוצגו במוזיאון תנ"כי בוושינגטון הינן מזויפות.